指挥部下设由相关市领导担任组长的综合协调组、规划建设指导组、农业水利恢复生产指导组、交通电力通讯恢复指导组、资金保障和政策争取组、效能督察组、宣传舆情组、武平工作组、上杭工作组等9个工作组，统筹各方资源力量。

会议称，要突出重点、明确目标，当前要重点：抓好受灾群众基本生活保障，确保群众有饭吃、有水喝、有安全房住；抓好基础设施恢复重建，尽快推动灾区通路、通电、通水、通信；抓好灾后农业恢复生产和受灾企业复工复产，全力将群众和企业损失降到最低；抓好上级政策资金对接，认真谋划一批水利、交通补短板项目，争取更多支持。

同时，要加强领导、形成合力，建立完善“市级统筹、县负主责、市县联动”工作机制，深入实施灾后重建攻坚行动，强化要素保障和督察检查，营造浓厚氛围，确保高质量、高标准、高效率完成灾后重建各项任务。

80后据“龙岩发布”6月21日披露，经龙岩市委、市政府研究决定，该市成立由市委、市政府主要领导担任指挥长的龙岩市“6·16”特大暴雨灾后重建攻坚指挥部。